综合神经肽信息数据库构建

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神经肽(neuropeptide)是生物体内的一类活性多肽,在细胞间通讯起关键作用的信号分子。许多研究表明,神经肽参与许多生理过程,并且在很多神经系统疾病的靶向治疗中起重要作用。通常情况下,神经肽通过激活细胞表面的受体发挥作用。除了心房肽(atrial natriuretic peptide, ANP)受体以外,其他神经肽受体都属于G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptor, GPCR)。神经肽信号传递是一个非常复杂的过程,一个神经肽可以与一个或者多个受体结合,不同的神经肽可以与同一个受体结合,不同的神经肽也可以与多个受体结合。  近几十年来,越来越多的神经肽和神经肽受体被发现,亟需建立一个综合的神经肽信息数据库。收集来自于医学文献数据库(MEDLINE)、UnitProt及现有神经肽数据库www.neuropeptides.nl、Neuropedia中的神经肽。通过阅读文献和检索数据库,收集了65个神经肽家族,并对每一条神经肽进行注释;同时通过检索UnitProt数据库,然后使用HMMER3.0进行隐马尔可夫模型(hidden Markov model, HMM)验证得到44个神经肽家族的受体;然后将神经肽和神经肽受体进行匹配,建立神经肽-受体对。我们共收集了632个物种、65个家族的6888条神经肽,396个物种、44个家族的2146神经肽受体以及2112个神经肽-受体对。数据收集完成以后,设计构建神经肽数据库NeuroPep。该数据库不仅提供了神经肽、神经肽受体及神经肽-受体对的在线浏览、初高级查询和统计分析,还提供了BLAST和CLUSTALW序列比对以及映射等功能。神经肽和神经肽受体的注释信息都包括名字、物种、家族、组织特异性、细胞亚定位、功能、Uniprot ID、转录后修饰、GO、序列、结构以及参考文献等,还可以超链接到Uniprot和NCBI的Taxonomy数据库,方便用户查找相关的其他信息。该数据库是目前最完整的综合神经肽数据库,所有的数据都经过人工筛选校正。数据库另一个突出的特点就是建立了神经肽-受体对,可以通过内部超链接方便的查看受体或者配体信息。
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