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碱性肌球蛋白轻链是构成肌球蛋白头部的必需分子.采用简并引物PCR方法获得青岛文昌鱼碱性肌球蛋白轻链基因片段，并对其氨基酸序列与其他生物如鸡和人的胚胎型、骨骼肌型、平滑肌型、心肌型、非肌型等多种碱性肌球蛋白轻链基因家族成员相应片段进行了同源性分析，均显示较高的同源性.研究结果支持青岛文昌鱼具有1个，可能也仅有1个碱性肌球蛋白轻链基因.碱性肌球蛋白轻链基因的倍增可能发生在脊椎动物与文昌鱼在进化中分支之后。