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对真核生物顺式调控模块的识别是后基因组时代的巨大挑战，目前主要使用转录因子结合位点的组合，遗传印记(phylogenetic footprinting)及这两种方法的组合进行计算机预测。本文阐述了这些方法的优缺点，并指出充分利用多种资源，结合实验数据，包括大规模基因表达谱数据，染色体免疫共沉淀数据，考虑染色体结构等效应是识别真核生物顺式调控模块的有效方法。