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基于复杂系统理论的主体建模方法是分析契约和制度有效性的一种新方法。结合开放式自主创新理论和利益相关者理论，分析了开放式自主创新背景下的校企合作模式；在分析合作模式的基础上，运用博弈论思想构建了校企合作创新模型，并开发了基于Netlogo的校企合作创新仿真模型，分析了有无惩罚机制和惩罚函数变化对校企合作创新的影响。