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“病源”即“病原”，得病之原由。“候”是外候，一类病可有多种外候。《诸病源候论》对繁杂的外候进行了详细的汇录和考辨。以各种证候为主，将伤寒在演变过程中出现的证候，进行整理归纳，从横向方面对其病因、病机、辨证加以分析比较，使中医病因病机学说，以相对固定的因症搭配关系从临床证候的形式中表现出来。隋代以后的大量医籍，在论述病因病机上，多先引《诸病源候论》之说，再进行自己的发挥。《千金方》、《外台秘要>、《太平圣惠方》、《圣济总录》、《普济方》等大型方书，无一例外。就连日本的《医心方》、朝鲜的《医方类聚)亦循此例。
中医的概念在不同历史时期有着不同的内涵，仲景的“伤寒”与隋唐《诸病源候论》医著中的“伤寒”显然有同有异，体现了中医学术发展既有承袭更多创新。在中国传统医学里，知识的确定性在于形诸文本，藉此流传，从而形成一定的范畴。即使这些知识有争议，且议而不决，只要有文本存在，便能流传，使文本化的知识化为中医传统知识宝库中的一部份。从汉末至隋唐，疾疫迭起，医者遂立意重新分类、定义疾病，厘清各病类之间的关系，当伤寒与时气、温病等逐渐分离而归属不同疾病分类的过程中，由于无法完全掌握或区分它们之间的分际．在医著中不免残留含混杂陈的痕迹，反映在《诸病源流论》伤寒病诸候中所呈现给人们的是一个边际模糊但又有着一定的主次关系的疾病范畴。
“伤寒”在中医古典医籍中被赋予了许多的义项，有时候确实纷乱无序，让人困惑。如果试着从现代医学的角度来思考的话，可推论这是一种被称为“伤寒”的疾病，主要与流行性出血热相关。一旦搞清了“伤寒”原来什么病，对于《诸病源候论》伤寒病诸候的理解就会方便得多，很多问题可迎刃而解。中医在某种程度上可以说是肉眼的医学，肉眼能够观察到临床最为直接的病人状态，并且在医学著作中进行了最为忠实的描写，这是今天认识古代疾病与临床证治的重要源泉。
《诸病源候论》就病证言，层层深入细分，说其共性，论其特征，溯述病源，学医者可得层次分明的概念，在实用性和方法学上都具有直接指导意义。但《诸病源候论》的重点在论述疾病的源候，所以从临床证治的角度来看还不完整的，唐代孙思邈的《千金方》以及王焘的《外台秘要》有论有方，弥补了此不足，作为研究，应该互相参照，也许会更加方便理解。