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本文综合运用非参数和参数分析方法测算了1996～2007年中国31个省市的最优税制结构，并计算出各地区维持现行税制结构的效率损失。结果表明：多数地区经济增长的税制结构弹性为负，表明这些地区间接税占比过高，超过最优值，降低间接税比重是这些地区税制结构的优化方向；从区域分布来看，西部地区产出损失最高、东部最低，这源于西部地区两税之比实际值过高或与最优值差距较大，现行税制结构由此加剧了地区差距；税收负担水平也是影响产出损欠的重要因素，税制结构调整应兼顾税收负担变化，将税收负担变动控制在合理范围内以避免其过快上升引致效率损失。