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于2013年春季(5月)、秋季(8月)和秋季(11月)开展了长江口及邻近东海陆架区微型鞭毛虫的多样性调查，样品经处理后，用Illumina Miseq系统对18S rDNA V4高变区进行高通量测序和序列分析，物种的丰富度和多样性分别用Chao 1指数和Shannon多样性指数表征.结果显示，调查海区微型鞭毛虫在春季、夏季和秋季都以囊泡虫类为主，其在微型鞭毛虫OTU中所占比例超过65％，囊泡虫中又以多甲藻和卵甲藻为主要优势种；异鞭类、原始色素体生物、隐藻和后鞭毛生物等在东海微型生物群落中所占比例均不超过10％；无法归类的物种所占比例为6.91％-23.51％.