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本文分析了生物信息学的兴起和生命科学的理性化，指出解决如何从序列到结构，以及如何从序列结构到功能，这是实现生物学理性化的两个关键问题。最近人们认识到生物功能的实现往往依赖于一个网络，例如蛋白质相互作用网络、遗传调节网络和某一疾病相联系的多基因网络等。上述路线可更明确地表示为“序列-结构-功能网络”，本文阐述了生物信息学的兴起和生命科学的理性化，遗传密码的进化和逻辑，基因预测和基因组分析，蛋白质折叠和结构预测等内容。