【摘 要】
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目的 腭咽发育异常、以小下颌为特点的特殊面容、心脏畸形为新生儿多发畸形中的常见表型.本研究应用全基因组微阵列芯片平台,对15例具有心脏结构畸形,同时合并有腭裂和/或小下颌的新生儿进行全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs)检测,建立CNVs分析流程,归纳常见的疾病种类,分析罕见CNVs与表型的相关性.方法 对2010年6月至2012年5月复旦大学附属儿科医院新生
【机 构】
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复旦大学附属儿科医院新生儿科,上海 200032
【出 处】
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庆祝中国当代儿科杂志创刊15周年大会暨当代儿科论坛
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目的 腭咽发育异常、以小下颌为特点的特殊面容、心脏畸形为新生儿多发畸形中的常见表型.本研究应用全基因组微阵列芯片平台,对15例具有心脏结构畸形,同时合并有腭裂和/或小下颌的新生儿进行全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs)检测,建立CNVs分析流程,归纳常见的疾病种类,分析罕见CNVs与表型的相关性.方法 对2010年6月至2012年5月复旦大学附属儿科医院新生儿病房收治的具有心脏结构畸形,同时合并有腭裂和/或小下颌的新生儿15例进行研究.纳入病例采用Affymetrix SNP 6.0或Cytogenetic Whole-Genome 2.7M array芯片检测,筛查全基因组拷贝数变异.采用Affymetrix公司提供的Chromosome Analysis Suite (ChAS)软件进行数据处理.对发现的所有CNVs进行分析,参照国际基因组拷贝数变异多态性数据库除外正常人群多态性CNVs.得到的拷贝数变异数据从2个方面进行数据分析：①比对已知的综合征的关键区段及基因；②大于1 Mb的重复/缺失,寻找可能与该表型相关的CNVs片段；③余为尚不明确功能的小片段CNVs,比对已经发表的文献,及区段内基因功能分析.结果 共纳入病例15例,全部存在心脏结构畸形,9例(60％)为小下颌畸形,6例(40％)为腭裂畸形.其中9例(60％)合并四肢和/或指趾畸形,8例(53.3％)合并特殊面容,3例(20％)合并泌尿系统畸形,1例(6.7％)合并消化系统畸形,1例(6.7％)合并神经系统畸形.纳入病例提取外周血全基因组DNA,进行Affymetrix SNP 6.0或Cytogenetic Whole-Genome 2.7M array芯片检测.检测到重复＞150 kb,缺失＞ 50 kb的CNVs共167个,通过原始图像除外假阳性CNVs39个,除外不包含基因的区段39个,共得到89个CNVs进入手工分析.比对DGV数据库除外正常人拷贝数变异49个,检测到CNVs 38个,大小从54.852～77931.52 kb,其中重复24个,缺失16个.①比对已知综合征关键区段及基因,发现重合CNVs共24个,其中病例14检测到22q11.1-11.21重复和11q23.3-q25的重复,包括：部分21三体1例,部分18三体1例,8号染色体重复合并缺失2例,Prader Willi综合征2例；②大于1 Mb的重复/缺失,可能与该表型相关的CNVs片段共10个,将临近片段合并,得到：其中病例13检测到4q32.3-q35.2重复(包换3个CNV)和2q37.1-37.3缺失(包换4个CNV)、病例8检测到7q36.1-36.3缺失和11 q23.3-q25重复、病例10检测到15q11.1-11.2重复,均为罕见的基因型,可能与腭裂、小下颌及心脏发育异常相关；③余4个罕见潜在临床意义小片段CNVs,拟进行进一步功能探究,明确是否存在表型相关性.结论 腭裂、以小下颌为特点的特殊面容、心脏畸形是新生儿可以识别且相对常见的畸形表型,对于此类患儿采用全基因组拷贝数变异检测分析,可以大大提高对于此类疾病的诊断率.检测到2例罕见基因型,分别为：4q32.3-q35.2重复合并2q37.1-37.3缺失,7q36.1-36.3缺失合并11q23.3-q25重复,与腭咽-下颌-心脏发育相关.
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