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目的:通过对同一生态环境不同株鱼腥草遗传多态性进行分析以及对其挥发油指纹图谱研究，探索鱼腥草遗传变异与挥发油变异的内在关系。方法:采用ISSR-PCR分子标记技术对同一生态环境下单株野生鱼腥草DNA进行检测；同时对各单株鱼腥草挥发油指纹图谱进行测定，通过总量统计矩以及信息熵原理得出反映指纹图谱信息携带量的信息熵(H)，同时将信息熵与ISSR-PCR扩增结果进行关联。结果:ISSR-PCR扩增结果表明所有个体或多或少都存在着遗传距离，其平均遗传距离为0.3554，同时，通过GC指纹图谱分析，AUCT和信息熵的RSD分别为341.56％和553.48％，并且基因遗传变异与挥发油指纹图谱变异具有直接关系,扩增片段总长度较小的植株具有较小的信息熵，信息熵较大的植株普遍扩增片段总长度较大。结论:同一生态环境下不同株野生鱼腥草个体之间基因及挥发油具有丰富的多样性，且其基因遗传变异与挥发油成分变异具有直接关系，中药材质量控制不能忽视植物体内遗传多态性影响。