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中医学方法论体现了中国传统文化的先进思想和核心观念，体现了科学技术与人文精神的交融。中国传统文化的自然观与方法论，特别是中国传统文化的系统思维，指导并直接参与了中医学理论体系的构建。本文分析了中医学方法论的重要性，指出方法论的缺失是中医科研和临床的致命伤，提出应适应其传统文化的特点，与之相关的学术基础贯穿于中医学理论体系的各个方面，如影随行，不可分割。因此，整理和总结中医学术基础，以此为立足点展开中医学普适性的核心方法论的研究，不仅能够更好的继承中医学，而且可以为科研及临床工作提供借鉴和思路，与时俱进的发展中医，从而实现中医学的全面振兴。