【摘 要】
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瘤胃纤毛虫是一类主要生活在牛、羊等反刍动物瘤胃内与宿主互利共生的原生动物.由于瘤胃纤毛虫尚未实现长期的实验室纯培养,因此目前尚无任何代表物种的基因组和转录组数据报道,这极大阻碍了人们从组学水平开展瘤胃纤毛虫的分子生物学研究.随着单细胞基因组和转录组测序方法的成熟和广泛应用,本研究采用单细胞转录组测序方法获得了首个瘤胃纤毛虫代表物种Entodinium furca和Diplodinium denta
【机 构】
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江汉大学,医学院,病原生物学教研室,武汉,430056 中国科学院水生生物研究所,中国科学院水生生
【出 处】
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中国动物学会原生动物学分会第十八次学术讨论会
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瘤胃纤毛虫是一类主要生活在牛、羊等反刍动物瘤胃内与宿主互利共生的原生动物.由于瘤胃纤毛虫尚未实现长期的实验室纯培养,因此目前尚无任何代表物种的基因组和转录组数据报道,这极大阻碍了人们从组学水平开展瘤胃纤毛虫的分子生物学研究.随着单细胞基因组和转录组测序方法的成熟和广泛应用,本研究采用单细胞转录组测序方法获得了首个瘤胃纤毛虫代表物种Entodinium furca和Diplodinium dentatum的单细胞转录组测序数据,从头拼接后分别获得了69,895和74,804条转录本,对应的N50分别为548 bp和539 bp.基于这些单细胞转录组数据和已报道的24种纤毛虫的基因组和转录组数据,我们初步构建28个物种的127个蛋白编码的50,785氨基酸位点的数据超矩阵,Phylogenomic分析结果揭示叶咽纲(Litosome)的钩刺亚纲(Haptoria)和毛口亚纲(Trichostomatia)的代表物种聚在一起形成单系,且它们处在纤毛虫树的最早分支.此外,我们从E.urca和D.dentatum的单细胞转录组测序数据中分别鉴定到400多个从细菌和古菌中水平基因转移获得的基因,进一步的基因功能富集分析表明这些水平转移基因主要是参与厌氧能量代谢和降解木质纤维素的酶类.本研究结果表明单细胞转录组测序分析是从难以纯培养的环境真核微生物中获得大量基因数据用于组学分析的行之有效的方法,该方法的使用将促进人们对难以分离纯培养的真核微生物及其在环境中扮演的角色的认识.
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