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目的：对黑木相思根瘤菌的遗传多样性及系统发育进行研究。方法：采用16S rDNA PCR-RFLP,16S rDNA以及持家基因(recA,atpD,g1nII)序列分析、共生基因(nodC和nifH)系统发育分析和DNA-DNA杂交等方法，对采集和分离自我国华南地区8个市县15个不同采样点的174株黑木相思根瘤菌进行了遗传多样性研究和系统发育分析。结果及结论：结合16S rDNA PCR-RFLP、16S rDNA序列分析和持家基因系统发育分析结果，174株待测菌株被鉴定到属的水平。持家基因系统发育中，五个类群的代表菌株与其亲缘关系最近的菌株相似性低于75％，G+Cmol％含量测定及DNA-DNA杂交结果表明其可能为新的种群，确切的分类地位需要进一步研究。根瘤菌的种类与其地理来源之间具有一定的相关性，在不同采样地点，优势菌群有所差异。