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赤潮生消不同阶段藻菌之间复杂的相互作用影响着赤潮生消。本研究以2011年厦门海域爆发的赤潮为研究对象，通过构建分子生态网络，研究藻菌相互作用。研究发现赤潮生消过程立克次氏体目某科、肠杆菌科等科的细菌与赤潮生消存在正相关关系，推测赤潮的存在为这些菌群的生长提供了有利条件；而弧菌科、假交替单胞菌科等细菌与赤潮藻存在负相关关系，推测赤潮藻的存在可能抑制了相关菌群的生长或者这些菌群可以抑制/杀死赤潮藻。分子生态网络技术可以更好地揭示赤潮生消过程中藻菌之间的相互作用。