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目的：了解1995-2006年深圳市H3N2亚型流感病毒的系统进化和分子变异规律。方法：利用Simmonic和MEGA等生物信息学软件对71株H3N2亚型人流感病毒进行系统进化和氨基酸序列比对分析。结果：在这12年间H3N2亚型毒株形成了1995-1999和2000-2006两大谱系。谱系内部的进化速度非常快，具有典型的时间顺序，基本上每年都可以划分出一个亚系；2000年后毒株HA1分子上144位糖基化位点的插入、抗原决定簇A、B、D、E和RBS后壁和左侧壁上的变异可能是导致新变种形成的原因。结论：对流感病毒分子进化规律的初步掌握，为深圳市流感暴发的预测和防控提供了有力的分子生物学依据。