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本研究利用RAPD-SCAR及ISSR技术，对我国富春江、黄河、滦河和鸭绿江等4个松江鲈鱼野生群体共120尾个体进行分析并寻找特异性的群体分子标记。结果发现：(1)两种方法的分析结果都表明，松江鲈鱼野生群体的遗传多样性较丰富；(2)虽然各群体间存在程度不同的基因交流，但分子方差分析(AMOVA)却显示这些群体间存在显著(p＜0.05)或极显著(p＜0.01)的遗传分化。(3)成功获得两个RAPD-SCAR标记，可作为鉴别松江鲈鱼滦河群体与其它3群体的分子标记。(4)发现滦河群体具有自身的遗传结构特点，推测渤海湾海区内可能存在独立产卵场，值得深入调查。(5)建议对松江鲈鱼野生群体进行不同原产地的保护，以利于该濒危物种的生存繁衍及合理的开发利用。