雏鹅与成年鹅脾脏的转录组数据分析及其免疫相关基因差异表达的鉴定

来源 :2015中国第三届水禽疫病防控研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:debug_core
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  引言 鹅源传染病频发让我国的养鹅产业遭受巨大的经济损失,且表现为雏鹅对病原的易感性更高.目前,将雏鹅对病原的强易感性和对疾病的低抵抗性归因于其免疫系统发育的不完善,但其中的分子特征与机制并不清楚.同时,禽流感对人类健康的日益威胁迫使我们完全地了解禽类免疫系统的分子机制,而鹅在禽流感病毒的携带、传播与变异中占据不可小觑的作用.鹅作为水禽的代表,其分子免疫学基础研究能为水禽疾病的防控提供理论基础.材料与方法 取雏鹅与成年鹅脾脏做转录组测序,对所测unigenes进行功能注释、GO分析和KEGG分析,并寻找参与免疫系统pathway的unigenes.筛选两者脾脏免疫相关的差异基因并挑选7个有代表性的基因,以荧光定量PCR检测其在鹅脾脏(雏鹅与成年鹅)的mRNA水平.结果 通过高通量测序得到50,390 unigenes,并对这些基因进行了功能注释.对有注释的unigenes进行GO分析,发现857 unigenes属于免疫系统.通过KEGG分析,我们发现了558个主要的免疫相关基因,其中15个unigenes在成年鹅中表达上调,7个unigenes为表达下调基因.同时,预测到23个细胞因子,且已在其他物种的疫苗研制中做重要的疫苗佐剂.最后,我们筛选了7个代表性的表达差异的基因(TNFRSF13B、CCL4、CXCR4、IL2RA、MHClα、TAP2和IgH),以荧光定量PCR鉴定其在雏鹅和成年鹅中的变化与高通量测序结果相一致:相比雏鹅,成年鹅脾脏中CXCR4,MHClα和IL2RA表达上调,CCL4显著上调,IgH和TAP2极显著上调,而TNFRSF13B极显著下调.讨论 本研究鉴定出许多未知的鹅免疫相关基因,此为研究鹅免疫系统的分子机制奠定基础.同时,本研究鉴定出22个成年鹅与雏鹅脾中表达有差异的unigenes(其中15个上调,7个下调),推测这些基因与雏鹅对病原的易感性有关.进一步以荧光定量PCR验证,证实其结果与高通量的测序结果相一致,说明了转录组数据的有效性.
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