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杂交通常指不同类群间(种间或种内)经有性途径的遗传交流。越来越多的研究表明，作为一种遗传交换过程，杂交是生物多样性形成、维持和丧失的重要机制，它广泛参与了动物、植物、微生物等的类群分化。然而，我们对杂交过程中遗传交换的普遍性、存在模式、产生机制的认识还非常有限。当前，高通量测序技术的飞速发展和基因组学研究技术的普遍应用，为深入评价遗传交换的普遍性和进化意义提供了前所未有的契机。如何选用恰当的研究技术与策略检验潜在的杂交并评价它的特征，成为大家普遍面临的问题。本文试图综合来自系统发育和群体遗传等相互关联学科中不同的技术策略，以当前流行的高通量测序技术为核心，结合表型和细胞遗传学等多种数据获取和分析手段，概括不同分析策略的特点，联系必要的实例研究，为生物多样性与进化领域的学者提供检测遗传交换的参考。