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目的:应用基因芯片技术筛选耐药结核病基因突变位点及对临床分离株进行基因型的鉴定.
方法:1:应用菌种分型基因芯片技术和Spoligotyping技术对长沙市中心医院2011年1月-2012年12月的临床标本分离菌株进行菌种鉴定,2:对鉴定为结核分枝杆菌的菌株应用绝对浓度法进行利福平和异烟肼药物敏感试验,3:对鉴定为结核分枝杆菌的菌株(利福平耐药、异烟肼耐药、敏感株)应用耐药基因芯片技术对rpoB、KatG、inhA基因的野生型位点以及各突变位点进行检测.
结果:1:与绝对浓度法比较,对利福平敏感(50μg/ml以下)和异烟肼(1μg/ml以下)敏感的全敏菌株45例,耐药基因芯片检测鉴定为敏感株即野生型的rpoB基因42例,符合率为93.3％(不符合1例为511T-C突变,1例为531C-T突然,1例为516A-T突变);KatG基因45例,为100％,inhA基因43例,为95.6％(不符合2例为inhA-15C-T突变).2:与绝对浓度法比较,对利福平轻度耐药(50μg/ml-250μg/ml)的耐药菌株18例,耐药基因芯片检测鉴定为rpoB基因突变型的16例,符合率为88.9％,且与531、516、526、511位点突变相关.对利福平高耐药(250μg/ml以上)的耐药菌株19例,耐药基因芯片检测全部鉴定为rpoB基因突变型,符合率为100％,且与531、516、526、511位点突变相关,3:与绝对浓度法比较,对异烟肼轻度耐药(1μg/ml-10μg/ml)的耐药菌株13例,耐药基因芯片检测鉴定为KatG基因突变型的12例,符合率为92.3％,与315G-C和315G-A位点突变相关.inhA基因突变型0例.对异烟肼高耐药(10μg/ml以上)的耐药菌株9例,耐药基因芯片检测鉴定为KatG基因全部为突变型,符合率为100％,与315G-C和315G-A位点突变相关.inhA基因突变型0例.4:与spoligotyping法比较,137株临床分离株中104例分离株基因芯片法检测鉴定为结核分枝杆菌复合群, 33例基因芯片法检测出7例鸟分枝杆菌、15例胞内分枝杆菌、1例偶然分枝杆菌、10例龟或脓肿分枝杆菌,与spoligotyping法比较,结核分枝杆菌复合群一致性为100％,鸟分枝杆菌一致性为77.8％,胞内分枝杆菌一致性为93.8％,偶然分枝杆菌一致性为0％,龟或脓肿分枝杆菌一致性为80％.
结论:耐药基因芯片检测法与绝对浓度法有高度的一致性,且利福平耐药与rpoB基因的531、516、526、511位点点突变相关.异烟肼耐药与KatG基因的315位点点突变相关,没有发现inhA相关的耐药位点突变.基因芯片方法可快速、准确的检测临床分离株的菌种基因型和耐药性.