小麦7DL染色体参考序列/人工分子(pseudomolecule)组装

来源 :第六届全国小麦基因组学及分子育种大会 | 被引量 : 0次 | 上传用户：willa81

【摘要】

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【作者】

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王乐聂小军童维 Simkova Hana Safar Jan Dolezel Jaroslav Rudi Apples Mingcheng Luo 宋卫宁

【机构】

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旱区作物逆境生物学国家重点实验室;国家小麦改良中心杨凌分中心,西北农林科技大学农学院,陕西杨凌712100

【出处】

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第六届全国小麦基因组学及分子育种大会

【发表日期】

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2015年5期

【关键词】

：

小麦基因组

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　　基于国际小麦基因组测序协作组织的合作,我们构建了小麦7DL染色体物理图谱,挑选出了4457个MTP克隆,contigN50为348KB.对这些克隆采用二代测序,组装获得了1454个scaffold,最长scaffold达到2.1Mb,scaffold的N50达到391kb,N90为108kb,拼接序列总长为391Mb,覆盖了整个染色体臂的82％,基本完成了小麦7DL的序列草图.为了验证BAC组装的正确性和准确性,我们应用了单分子测序(PacBio),确认了二者组装结果的可靠性.我们对这些scaffold用遗传标记进行了锚定.对组装序列的注释表明,7DL染色体重复序列占整个组装序列的62％以上,进一步的序列分析工作正在进行中.

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