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高原鼠兔生活在3000m-6000m的青藏高原，有着各种各样的生理机制适应寒冷和缺氧的高海拔环境，而另一种普遍的达乌尔鼠兔，广泛分布于海拔1000m左右的内蒙古草原，能够很好的适应低海拔环境。但是，对于这两种鼠兔的肠道微生物如何适应不同的海拔环境和食物资源还不清楚。使用微生物宏基因组测序，并结合生理生化方法，本文探究和比较了高原鼠兔和达乌尔鼠兔食物组成，肠道微生物组成和功能，短链脂肪酸图谱以及纤维素酶活性，发现季节和宿主物种显著影响鼠兔肠道微生物群落结构。证明了栖息在高海拔的高原鼠兔有着更低的食物多样性，但是有更高的微生物多样性和糖苷水解酶多样性，短链脂肪酸浓度以及纤维素酶活性，从肠道微生物的角度证明了高原鼠兔比达乌尔鼠兔有着更高的食物的发酵能力，显示了高原动物肠道微生物的高海拔适应性。