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用磷脂脂肪酸图谱法在大田研究了转基因棉花晋棉26、中棉所41连续种植对土壤微生物群落结构的影响。试验结果表明，不同品种、不同生育期对土壤微生物量影响不同，随着种植年限和棉花残茬进入土壤生态系统，细菌占总量的百分数有降低趋势，革兰氏阳性和阴性细菌的比例低于非转基因品种；随着种植年限的增加，转基因棉花品种的土壤真菌的比例逐渐增加，造成土壤微生物群体结构的变化。