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采用1985～2009年的长期观测数据，运用单因子水质分析方法，分析罗源湾水质氮磷的污染特征，结果表明：2000年之前罗源湾氮磷浓度基本满足第二类海水水质标准，2000年以后浓度迅速升高，并分别在2007年和2008年达到最高值，均超过第四类海水水质标准；2008年氛磷年内污染变化表明，春冬两季浓度高，夏秋两季较低。根据2009—2010年各输入源的调查和监测数据分析表明：氮输入因子贡献大小为：陆源>海上养殖>大气沉降，磷输入因子贡献大小为：海上养殖>陆源>大气沉降，总氮以陆源输入贡献最大，总磷以海水养殖贡献最大；在对12个陆源子流域的输入源强分析表明，通过罗源县主城区的子流域(起步溪流域)是罗源湾海域最主要的陆域输入源区。