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玛纳斯背斜在区域上属于准噶尔盆地南缘山前第二排构造带，与吐谷鲁背斜、霍尔果斯背斜一起称作准噶尔盆地南缘霍玛吐背斜带，构造样式基本一致。本文指出准噶尔盆地南缘地区生烃史、排烃史研究结果表明，下白垩统烃源岩在早第三纪就开始进入大量排烃期，三叠系和侏罗系烃源岩生排烃时期应早于早第三纪，而天然气大量生成时期是在晚第三纪，天然气大量生成时期晚于原油大量排烃期，从生、排烃对比分析认为，原油充注时期应早于天然气充注期。