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真菌毒素是真菌产生的次生代谢产物，已经发展成为粮油最严重的污染源之一，污染趋势加重，分布范围扩大。真菌毒素污染不同于农兽药残留，难以仅通过监管措施控制，因此，高效灵敏的检测方法在真菌毒素污染监测和评价中作用更加突出。根据国内外近年来真菌毒素研究进展和应用范围，将当前各种真菌毒素分析技术分成了以下四个类别。(1)超高效液相色谱-多级质谱确证检测方法，(2)高效液相色谱配荧光检测器检测方法，(3)定量快速分析方法(如便携式速测仪)，(4)半定量快速或定性分析方法(如免疫层析试纸条)。并比较了每种检测方法的特点，可以帮助分析人员根据具体检测目的选择适宜方法。最后展望真菌毒素检测技术发展面临的主要挑战和简单化、智能化和便携化的发展趋势。