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通过对栉孔扇贝雌和华贵栉孔扇贝雄单对培育的2个全同胞F1幼虫进行ISSR标记，分析了双亲位点在杂交子代中的传递分离方式。所得到的总位点中双亲和杂交子代共有位点1＃家系占35.4％，2＃家系占27.1％，两单亲与杂交一代共享位点将近占30％左右，表明双亲所携带的遗传物质皆传递给了F1代，证实种间杂交的成功。但杂交种F1从栉孔扇贝获得的位点数稍多于华贵栉孔扇贝，且前者的位点在F1中出现频率明显高于后者，另外F1的每个个体与栉孔扇贝的遗传距离皆小于与华贵栉孔扇贝的距离，说明杂交子代在遗传上明显地偏向栉孔扇贝。另外在杂交子代中出现了较高比例的非孟德尔分离位点和非亲位点。