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羊草是我国有比较优势的战略性生物资源，对我国北方畜牧业的发展以及生态环境的保育均具有重要意义。如何通过形态学指标和生物技术手段评价羊草遗传多样性、建立核心种质便成为当前亟待解决的问题。我们的研究表明：通过主成分分析和通径分析，简化了羊草31个性状分析的复杂性，了解到羊草生殖生长并不像以往认为的需要抑制营养生长；相反，旺盛的营养生长将会促进生殖生长；对羊草的形态调查和AFLP分子标记技术分析，表明羊草是一种形态变异较大但是遗传变异较小的物种。两种生态型的差异也表现显著，其中灰绿生态型羊草比黄绿生态型差异大。羊草遗传多样性与包括长期的栽培驯化、地理分布有很大的相关性，地理来源相同的几乎全部聚到了一组。羊草AFLP反应，不同引物所获得的总带数和多态性带数差别明显。羊草基因组对3端有选择性碱基TN的所有EcoRI选择性引物扩增效果不灵敏。AFLP分子标记技术在分析羊草遗传多样性方面有显著优势，尤其是对于羊草这样多态性不高的物种是一种非常有效的分析工具。在分析AFLP数据时采用聚类分析和主坐标分析相结合的方法，既兼顾了亲缘关系较近的种质之间的关系调查也兼顾了亲缘关系较远的种质之间的关系调查。