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新型农村合作医疗基金是农民自愿缴纳、集体扶持、政府资助的民办公助社会性资金。就目前状况看，新型合作医疗基金风险产生于相关管理环节，按照其运行环节可分为筹资环节风险因素、储存环节风险因素、医疗服务环节因素、报销审核环节因素、引进结付环节因素等等，不管哪一种风险，都会对基金造成不同程度的危害，会对合作医疗制度产生较大冲击。本文就如何规避基金风险、探求基金运行中风险控制措施展开讨论，并提出基金运行中风险防范对策，首先要促进参合人员结构优化，做好风险防范第一关，要科学制定和调整农民医疗费用补偿方案，发挥其经济调剂作用，并强化医院自我管理能力，把好基金医疗环节风险，从而确保基金有效使用率和降低基金风险。