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保护性耕作通过增加有机质输入，改变土壤温度、湿度，减少土壤表层扰动等改变土壤肥力，提高作物产量，本研究以保护性耕作对于土壤微生物多样性及群落结构的影响为研究对象，利用PCR扩增技术、高通量测序法测定不同量秸秆覆盖及大豆、玉米轮作技术对于东北黑土区土壤微生物的影响，与无秸秆覆盖及作物连作耕作方法相对比，结果表明秸秆覆盖提高了土壤微生物丰富度和群落多样性，在属水平上、OUT水平上，秸秆覆盖处理下微生物相对丰度大小为低量秸秆覆盖>无秸秆覆盖>高量秸秆覆盖，秸秆还田量与土壤微生物多样性并不呈正相关关系；土壤理化因子与微生物多样性呈显著相关关系；与连作相比，轮作处理显著提高了土壤微生物丰富度和群落多样性，其中，轮作处理L1(大豆-大豆-玉米-玉米)对土壤中微生物丰富度和群落多样性影响更加明显；在各分类水平下，轮作处理和秸秆覆盖处理对细菌优势菌群的影响不同，α-变形菌(Alphaproteobacteria)、β-变形菌(Betaproteobacteria)是优势变形菌，相对于轮作处理，秸秆覆盖对于优势变形菌的相对丰度增加更加显著。此外，秸秆覆盖也增加了酸杆菌Subgroup3和Subgroup6等优势亚群相对丰度；不同耕作措施一定程度上改变了土壤理化性质，其中全磷和有效磷含量是制约细菌群落结构发生变化的主要制约因子。