【摘 要】
：
The choice of random region length in a library for aptamers selection is typically made in a relatively arbitrary fashion [1].Herein,we sought to determine whether there was an observable effect of s
【机 构】
：
Key Laboratory of Molecular Medicine and Biotherapy,School of Life Science,Beijing Institute of Tech
【出 处】
：
中国化学会第十二届全国微全分析系统学术会议、第七届全国微纳尺度生物分离分析学术会议、第七届国际微流控学学术论坛
论文部分内容阅读
The choice of random region length in a library for aptamers selection is typically made in a relatively arbitrary fashion [1].Herein,we sought to determine whether there was an observable effect of sequence length on aptamer binding by capillary electrophoresis(CE)-SELEX and try to answer the reasons by molecular dynamics(MD).We used four ssDNA libraries with different lengths of the random region: 15 nt,30 nt,40 nt,and 60 nt to selected the aptamers for programmed cell deathligand 1(PD-L1)protein.From HTS results,we chose 12 sequences as the candidates based on their separate secondary structure and separately character the binding affinity.The linear regression analysis reveals a good correlation(R2=0.9887)between sequence length and dissociation constant(Kd),in which the longer sequence presented the higher-affinity that suggested the sequence length exhibits a significant effect on aptamer binding.In addition,the affinity evaluation by AuNPs based method confirmed the sequences affinity distribution.It is noteworthy that another aptamers selection for human lactoferrin(HLF)protein showed no correlation with the 40 nt sequence of better affinity,which meant different length sequences may be better suited for particular targets.Besides,we performed molecular docking to investigate the detailed interaction sites and explore the binding mechanism of the candidates and proteins,and used molecular dynamics to verify the binding affinity based on the lowest free energy.This investigation suggested the sequence length plays a crucial factor in the aptamers affinity and requires target-specific optimization.The obtained high-affinity aptamers(2.0 μM for PD-L1 and 67.0 nM for HLF)also indicated the CEs lower sampleinjection amount maybe not the main aspect of aptamers selection.
其他文献
实现橙皮苷的灵敏、快速,高选择性分析对于以其为指标的药材和中药制剂的质量控制及评价具有重要意义。本研究以制备的高导电超微活性炭为电极基底修饰材料,橙皮苷为模板分子,邻氨基苯硫酚为功能单体,通过自组装和电聚合在玻碳电极表面构建了用于橙皮苷高选择性检测的分子印迹膜。通过扫描电子显微镜,循环伏安法和电子阻抗法对分子印迹电化学传感器的构建过程进行了表征。对功能单体与模板分子的配比,溶液pH,自组装时间等条
在单壁金属有机纳米管(SWMONTs)吸附苯蒸汽的研究基础上,本文对SWMONTs 材料在二甲苯(间二甲苯MX、邻二甲苯OX、对二甲苯PX)中的吸附情况进行了初步研究。采用紫外可见分析方法测定不同吸附温度和吸附时间下SWMONTs 对二甲苯的吸附强度。吸附时间分别为为1h、3h、5h 时,MX、OX、PX 上清液吸光度最低,即吸附效果最好。吸附温度分别为60℃、60℃、30℃时,MX、OX、PX
近年来，在计算化学领域，环糊精与客体分子的非共价相互作用模型已被用于模拟与药物发现相关的更复杂的蛋白质-配体之间的分子识别作用。为了提高分子模拟的准确性和优化力场函数，需要大量环糊精-客体分子间键合的热力学数据。然而，该研究大多集中在天然环糊精键合客体分子的热力学行为。环糊精的化学修饰可以调节主体与客体分子的弱相互作用，特别是在热力学角度分析分子结构与热力学参数的关系。我们以天然的β-环糊精为原料
食源性细菌是导致食品中毒的主要因素。快速、高效、准确地鉴定食源性细菌是目前急需解决的问题。本研究开发了一种集成了封闭式的样品准备与重组酶聚合酶扩增(RPA)的多重检测微流控芯片,可在45 min 内实现3 种病原菌的快速检测。芯片采用多层软光刻技术以聚二甲基硅氧烷作为芯片材料,玻片作为基底,是一款具有4 层结构以及螺丝微阀控制功能的微流控芯片。芯片的样品前处理部分基于磁珠法核酸提取,可在15 mi
INTRODUCTION New fabrication techniques with new materials is key for microfluidics to expand accessibility,capability and utility.In particular,microfluidic chips,made with biomaterials like hydrogel
IL-2 是激活T 细胞分泌的一种免疫调节细胞因子，对活化T 细胞、自然杀伤细胞和巨噬细胞等的增殖具有重要作用。然而，杀伤T 细胞种类由其功能决定，这意味着在激活的杀伤T 细胞的全部种群中，只有指定的亚群可能对肿瘤和病毒有杀伤性作用，了解这些多功能反应是如何被单个细胞诱导和施加的，将对研究肿瘤和病毒对免疫细胞的作用、基于杀伤T 细胞的药物筛选或毒理学研究等提供关键信息，促进人体更好的免疫保护。现阶
本工作开发了一种可嫁接型的DNA 四面体(GDT)，并结合二茂铁标记的嵌段DNA-金纳米粒子复合材料构建了一种金属核酶辅助的DNA 自消陨纳米机器，用于检测临床癌症标志物。首先，设计一条DNA 桥梁探针(DBP)，该探针可分为两部分区域：嫁接域和工作域。嫁接域可通过Watson-Crick 碱基互补规则将DBP 锚定于GDT 上，工作域具有金属核酶催化环序列，当目标物存在时，催化环的催化功能被激活
制备了一种新型磁性聚合物材料，其表面含有pH 敏感基团和适配体.利用核酸适配体与靶标蛋白间亲和作用对蛋白进行特异性识别、pH 敏感基团的亲疏水性与适配体的亲和作用相协同从而实现蛋白的高效识别和分离.通过自由基聚合反应合成了pH 敏感的磁性聚合物基质(Fe3O4@P(AGE-DIPAMA))，并通过氨基与环氧基团间反应将核酸适配体固定在磁性聚合物基质上.以溶菌酶为模型蛋白，制备了pH 敏感的核酸适配
近年来三维细胞培养技术得到越来越广泛的关注。相比于二维细胞培养，三维细胞培养可以更大程度上模拟细胞的生长状态，提供细胞与体内相似的酸碱度、营养物质、生长因子等微环境，还可以充分展示细胞-细胞、细胞-基质间的相互作用。三维快速成型打印简称3D 打印，可将需要的产品3D 模型通过3D打印设备，结合特定材料一次性打印成所需构型，被誉为"第三次工业革命"的核心技术；而纸芯片内的纤维三维空间结构与人体内微环
核酸适配体(Aptamer)是通过数富集配体系统进化技术(SELEX)从随机寡核苷酸文酸库中筛选获得的,对靶标具有高亲和力特异性结合的寡核苷酸序列,被誉为"化学抗体"[1].毛细管电泳(CE)也是在自由溶液中分离靶标-核酸复合物,它是快速、高效筛选核酸适配体的方法之一,通常只需要1～4 轮筛选就可获得蛋白质的适配体[1,2,3].本研究基于CE-SELEX 方法,首先表征靶蛋白性质并评价其与核酸库