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慈竹(Bambusa emeiensis)是我国的优势竹种之一，主要分布在我国西南地区，其茎秆壁薄、竹节长、纤维长度高，是优良的纸浆原料。本研究以四个不同发育时期的慈竹笋为材料，分别提取总RNA 后进行转录组测序，对得到的原始数据进行统计和质量评估，过滤去杂质和冗余处理后，对组装得到Unigenes 数据库进行基因的结构(ORF 预测和SSR 分析)分析，功能(分别与Nr、GO、COG、KEGG、SwissProt 数据库对比，对基因的功能注释)分析和基因表达等分析，深入挖掘了差异表达的纤维素和木质素合成途径中的功能基因，以及转录因子，为从分子水平上了解慈竹笋发育过程中木质素、纤维素合成等基因调控的研究奠定了一定基础。