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本文基于多因素敏感性分析的数值计算方法，将广义哈密顿系统结构因子作为影响因素，提出一种广义哈密顿结构敏感性分析的数值计算方法。定义暂态敏感性及稳态敏感性的概念，建立了相应的敏感性分析计算模型。针对广义哈密顿系统结构因子的关联特性和非线性，将关联因子分为单因素、多因素和零关联三类，对零关联问题进行了分析。以非线性水轮发电机组广义哈密顿模型中零关联项的敏感性计算为例，给出广义哈密顿结构敏感性分析方法的应用步骤和计算说明，分析了零关联项对系统主要输出特性的暂态和稳态影响程度与规律。结果表明，所提出的计算方法有效，该方法为非线性动力学系统的结构分析提供了有益的参考。