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准噶尔盆地石炭系上下统都存在烃源岩。下石炭统滴水泉组主要分布在盆地东北缘和东部的滴水泉、五彩湾和腹部陆南凸起一带,上石炭统烃源岩在盆地西北缘和东北缘都有分布。研究表明,准噶尔盆地石炭系烃源岩最好的区域有彩南-北三台地区;其次是五彩湾凹陷与陆南凸起;再次为乌伦古凹陷、西北缘;最差的是南缘地区。