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DNA甲基化主要发生在启动子区CPG岛,在调节基因表达和其他功能方面起着关键作用。异常的DNA甲基化可参与调控疾病相关的分子信号通路,从而影响其正常功能。研究表明,DNA甲基化程度的改变与胚胎发育及多种疾病如癌症、自身免疫性疾病和心血管疾病的发生、发展紧密相关。因此,DNA甲基化的检测具有重要的临床意义。目前,DNA甲基化的研究主要集中在全基因组DNA甲基化和特异位点的DNA甲基化。常用的检测方法有甲基化特异性PCR、亚硫酸氢盐测序、重亚硫酸盐限制性内切酶联合分析法、荧光定量法、甲基化敏感性高分辨率熔解曲线法、焦磷酸测序和质谱法,这些方法具有较好的特异性,但灵敏性的差异较大。近年来,随着人们对表观遗传学机制及DNA甲基化的研究深入,越来越多的基因组甲基化位点逐渐被发现,更多先进生物学科技的应用也促使DNA甲基化检测技术迅速发展。数字PCR、第三代测序、色谱与质谱联用技术等是分子生物学领域先进的热门技术,具有高灵敏性、高准确性及高通量等优点。在此基础上,研究者又开发了多种新技术,如纳米芯片技术、免疫组化与数字PCR技术联合;靶分离测定法(MS-TFA)、在线捕获/毛细管亲水相互作用液相色谱(cHILIC)-串联质谱(cHILIC-ESI-qTOF-MS)、化学标记法或化学衍生法与液相色谱-电喷雾离子化质谱(LC-ESI-MS/MS)联合及微流控芯片与质谱联用;标记扩增深度测序、癌症个体化深度测序等。这些技术进一步提高了DNA甲基化检测的灵敏性和准确度,同时也为表观遗传学的研究提供了强有力技术支持。