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浊水溪及高屏溪为台湾前两大最主要的河川，分别位处台湾中部及西南部，为了解两海域底栖虾类生物多样性的异同，本研究分别利用2012年3月至2014年9月间在浊水溪口，以及2002年4月至2003年7月问在高屏溪口附近海域，所纪录到的底栖虾种进行比较。结果显示，两海域共纪录得底栖虾类11科58种，其中有28种虾类仅出现于高屏海域，另有16种虾类仅于浊水溪口附近海域有纪录。所有虾类，以对虾科(Penaeidae)的种类数最多(31种)，其次为枪虾科(Alpheidae)(10种)及长臂虾科(Palaemonidae)(8种)。对虾科的长角彷对虾(Parapenaeopsis hardwickii)及婆罗门赤虾(Metapenaeopsis palmensis)分别为浊水溪及高屏溪周边海域的最优势种，两者均占该海域总捕获量的65％以上。此外，枪虾科虾类主要出现于高屏海域，少见于浊水溪口附近海域。相反的，长臂虾科则以浊水溪附近海域较丰，但于高屏海域则少有纪录。南北两海域虾类群聚物种组成之差异，可能源自于台湾海峡水团的季节性消长，及物种本身对于栖息环境的选择及适应力。