【摘 要】
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多肽在蛋白表面的作用跟生物体内免疫防御、信号通路等多个过程有关.蛋白质与多肽对接过程对多肽新药研发及其设计有着指导意义.多肽的柔性增加了其与蛋白质对接的计算难
【机 构】
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大连理工大学生命科学与技术学院,大连,116024
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多肽在蛋白表面的作用跟生物体内免疫防御、信号通路等多个过程有关.蛋白质与多肽对接过程对多肽新药研发及其设计有着指导意义.多肽的柔性增加了其与蛋白质对接的计算难度.目前大多数计算软件只能达到半柔性对接,所以我们探索一种考虑柔性的逐步增长对接方案.以Toll样受体4(Toll-like receptors 4)—髓样分化蛋白-2(myeloid differentiation protein,MD-2)与多肽Cl-CATH2的对接为研究对象,我们采用了如下对接步骤：1)以Modeller同源建模和Rosetta-ab initio modeling从头碎片建模得到α-螺旋的结构.2)以α-螺旋片段为起点,通过Zdock刚性对接产生3600个构象,选取top600.3)对top600进行RosettaDock重打分和一致性打分,获得最好的构象.4)再使用RosettaDock半柔性对接优化的起始结构.5)使用amber进一步最小化.6)利用实验室软件去逐步增长肽段,重复Amber最小化.以此完成蛋白质与多肽柔性对接.
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