粉瘤菌ycogala epidendrum的SSU rRNA基因测序和分析

来源 :中国菌物学会第五届会员代表大会暨2011年学术年会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:abby412
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  小亚基rRNA (SSU rRNA)基因在真核生物高等级分类群的系统演化研究中具有重要作用.黏菌Myxomycetes的生活特征决定了其在生物系统发育树中的独特位置,但是由于材料、培养和特征等的限制,黏菌的分子系统学研究还仅局限于少数代表性的物种,使得对黏菌类群间的系统发育关系目前还主要依赖于表观特征.黏菌SSU rDNA的序列长度应在2000bp左右(个别因含有内含子而较长的除外).粉瘤菌Lycogala epidendrum属于黏菌纲无丝菌目线膜菌科粉瘤菌属;这一目现仅得到筛菌科筛菌属3个种和孔膜菌科筒菌Tubifera ferruginosa的SSU rDNA长度在2000bp-3000bp之间的序列.为了扩充粘菌物种的SSU rDNA数据,以便更全面地从分子水平探讨黏菌的系统发育关系,本文对粉瘤菌L.epidendrum的SSU rDNA进行了PCR扩增和测序,得到了粉瘤菌L.epidendrum的SSU rDNA片段,长度为1989bp,且无内含子,提交到GenBank的登录号为JF721323.将粉瘤菌Lepidendrum加入到进行黏菌目级水平分子系统发育研究的无丝菌目成员中,共采用了GenBank中22个长度在2000bp左右的黏菌的SSU rDNA序列,以盘基网柄菌Dictyostelium discoideum为外群,根据多头绒泡菌Physarum polycephalum的核酸二级结构进行序列比对处理,结合Mrmodeltest2.3、Modeltest3.7和Paup4.0软件预测模型,运用RaxML 3.0和Marbayes 3.1.2算法分别构建和评估ML树和BI树.结果表明:粉瘤菌L.epidendrum与同属无丝菌目的筛菌属Cribraria关系较近,且相对原始.无丝菌目中的筒菌属Tubifera与团毛菌目Tirchiales的团网菌属Arcyria和团毛菌属Trichia的关系较近,暗示着该属可能代表着无丝菌目中较进化的类型.
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