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利用RAPD和ISSR两种标记技术，分别对我国12个省(区)39个茶树种质资源进行遗传多样性检测和亲缘关系分析。从供试的引物中筛选出具有多态性良好的RAPD引物20条，ISSR引物15条，对其39份茶树种质资源进行扩增。结果表明：
(1)20条RAPD引物共扩增出196条清晰的多态性条带，多态性条带比率为87.2％；15条ISSR引物共扩增到143条清晰的多态性条带，多态性条带比率为91.6％，ISSR检测出的多态性条带的能力优于RAPD。
(2)基于RAPD分析的条带大小在300bp一3000bp之间，而ISSR条带大小在200bp一3000bp之间，故ISSR能检测到比RAPD更多的遗传变异。
(3)虽然ISSR和RAPD的聚类分析结果存在一定的差异，对两种标记结果进行UPGMA聚类分析，还是呈极显著的正相关。两种标记均能准确地把属原始类型的崇庆枇杷茶与英红1号与其它较原始类型与进化类型茶树种质资源区分开，聚类结果与传统经典分类相符，并揭示不同省区或同一省区不同地域的茶树种质资源的遗传差异与亲缘关系。