【摘 要】
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判断小分子配体在蛋白质表面活性位的结合模式,是对打分函数设计的一个基本要求.在分子对接的计算过程中,小分子定位与构象的各种取样算法,都将产生尽可能丰富的几何结合模式
【机 构】
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大连理工大学生命科学与技术学院,辽宁省大连市甘井子区凌工路2号,116024
【出 处】
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第十二届全国计算(机)化学学术会议
论文部分内容阅读
判断小分子配体在蛋白质表面活性位的结合模式,是对打分函数设计的一个基本要求.在分子对接的计算过程中,小分子定位与构象的各种取样算法,都将产生尽可能丰富的几何结合模式,包括在活性位边沿以及邻近位点的结合模式.而结构不同的小分子将偏向于结合在蛋白质表面的不同位置.如果仅用能量作为判别标准,就会把在目标活性位之外结合的小分子选入下一轮的考虑.本研究的目的就是引入一个几何定位判别函数,辅助能量函数,对配体结合模式进行双重判断,以排除误选,增加正选概率.这个使用能量与几何定位双重评判的方法不仅用于对配体结合模式的重打分,而且也用于寻找蛋白质表面的对接位点.
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