【摘 要】
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本研究的目的是探讨骨质疏松症潜在的分子机制以及筛选这种疾病新型候选基因.在本次研究中,我们从GEO数据库中选取有骨质疏松症的股骨头间质干细胞与正常捐献人群的间质
【出 处】
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中国中医药研究促进会内分泌学分会成立暨首届全国内分泌学术大会
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本研究的目的是探讨骨质疏松症潜在的分子机制以及筛选这种疾病新型候选基因.在本次研究中,我们从GEO数据库中选取有骨质疏松症的股骨头间质干细胞与正常捐献人群的间质干细胞基因表达谱数据作为分析的基础,样本取自股骨头,GEO编号为GSE35958,该套数据共包含5个骨质疏松症样本,4个正常对照样本,差异表达基因(度)最初确定使用t检验分析.随后,通过人类蛋白质参考数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络途径,差异表达基因筛查切点为FDR ＜0.1和I log2FCI＞ 1.5.最后,基于TRANSFAC数据库构建度的转录调控网络.差异基因筛选总共有1127个,其中包括554个上调基因和573个下调基因.通过对差异表达基因通路富集分析,我们发现两个显著富集差异表达基因通路,它们分别为粘着斑(Focal adhesion),溶酶体(Lysosome)；在蛋白质-蛋白质互作网络中,度最高的节点基因是：β-连环蛋白,SHC转化蛋白1,RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,小凹蛋白1和细丝蛋白.刺激神经组织的配体受体相互作用基因差异表达度为22.在转录调控网络中,度最高的前9位基因是RELA,USF1,SP1,FOSL1,CDKN1A,USF2,ELK1,JUND,RARA.在蛋白质互作网络和转录调控网络中,具有较高degree的基因可能是候选靶目标,这可能是用于监控,诊断和治疗骨质疏松症.
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