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分布式发电自动化系统未来的趋势是变电站以及变电站到分布式系统的每个节点之间都采用IEC61850标准实现无缝通信。IEC61850对采样值同步精确度有着非常高的精确性要求。本文分析并介绍了IEEE 1588协议，在此基础上通过采用现场可编程门阵列(FPGA)这一执行速度是纳秒级的设备，单独设立时标生成器，对交换机实现“边界时钟”功能，提出了一种符合IEEE 1588协议，可用于分布式系统保护通信中的精确时间同步新方案，并给出了软硬件结构模型，IEEE 1588协议的实现利用微控制器来完成。方法可以满足基于IEC61850的分布式保护通信系统的采样值同步要求。