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目的：了解贵阳及柳州地区新生隐球菌临床株的种群分布特点及多位点微卫星基因分型(multilocus microsatellite typing,MLMT)规律,探讨微卫星分型与新生隐球菌流行分布的相关性。方法：从贵州贵阳及广西柳州地区病人标本中分离新生隐球菌共50株(贵阳22株及柳州28株),提取DNA,用ITS序列对50株新生隐球菌进行鉴定,采用3个微卫星位点(CNGI、CNG2、CNG3)的引物对已鉴定菌株相应的微卫星序列进行PCR扩增并测序,通过测序结果进行微卫星分型,将两个地区的结果进行对比分析。结果：ITS基因测序结果分析后确定50株菌均为新生隐球菌格鲁比变种；而微卫星基因分型结果显示,贵阳地区22株菌中有18株是17型,1株9型,1株26型,另外还发现两株新的微卫星型,即41及42型；而柳州地区28株菌中有25株是17型,1株26型；1株9型,1株41型。讨论：贵阳地区及柳州地区分离到的新生隐球菌标本96％来自于HIV患者,通过ITS测序比对均为格鲁比变种,符合该菌分布广泛及主要侵犯免疫缺陷人群的特点；微卫星基因分型结果显示17型分别占两地区菌株总数的82％和89％,符合既往研究中该型别地域分布特征；对比微卫星分型结果发现贵阳及柳州地区的微卫星型别在CNG1、CNG2、CNG3三个位点上均有较高的相似性与相关性,这种微小的差异提示我们新生隐球菌在同一地区菌株与菌株之间存在着同源性和进化相关性的可能。