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DNA甲基化在真核生物的生长发育过程中起着重要的调控作用。本研究采用甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplifiedpolymorphism，MSAP)技术检测了6个自花授粉产生的同源三倍体枇杷株系及其二倍体母本株系的基因组DNA 5-CCGG位点胞嘧啶的甲基化水平，分析比较了三倍体株系与其母本间以及各三倍体株系之间的甲基化模式和程度的差异。在所用的18对引物中有12对呈现出较好的甲基化多态性，通过分析表明，天然三倍体枇杷总甲基化率(全甲基化和半甲基化率)为12.9％～18.3％，平均15.8％，全甲基化率(双链内甲基化率)为7.6％～11.7％，平均9.7％；二倍体母本分别为14.1％和7.7％。除A368与二倍体母本没有太大差异以外，三倍体枇杷的总甲基化率和全甲基化率较其母本均有不同程度的提高。三倍体枇杷各株系扩增带型与其母本存在差异的位点数为86～108个，平均101.1个，三倍体株系之间的差异位点数为77～138个，平均存在107.1个。各三倍体枇杷株系及其母本基因组DNA甲基化水平呈现出较为明显的多态性，出现全甲基化、去甲基化、超甲基化和次甲基化等多种类型的甲基化模式改变，这可能是其表观遗传多样性产生的重要因素之一。