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岩溶地下河系统水位、流量动态变化极不稳定、“三水”转换迅速。岩溶水系统的监测需要提高精度，开展自动化监测。表层岩溶带能够调蓄降雨，并被用来解决人畜饮水难题，因此应该建立表层岩溶带岩溶水的监测站。岩溶水的不均匀性决定了对地下河的监测要首先查明岩溶管道的来龙去脉，还要兼顾管道水和裂隙水。岩溶水水质与岩溶动力系统的关联要求岩溶水的监测要以地球系统科学为指导，现场测试CO2和岩溶水的温度和pH等指标。广西柳州官村地下河4年的连续监测表明每年雨季来临时的头几场降雨是输送污染物质的关键。受到农业活动的影响春季成为污染的高发季节。从物质循环的角度来看，仅有岩溶水的监测是不全面的。