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无论是多肽还是蛋白串级质谱，中性丢失及内部碎片离子都占着重要的比重；已有人建议将这些离子，跟其他正则碎片离子一样，加入到数据库搜索和蛋白鉴定中来。除了正则b/y(基于碰撞的解离)或c/z(基于电子的解离)碎片离子，蛋白鉴定同时利用中性丢失及内部离子肯定能提高串级质谱的利用效率；然而，这些离子在有假阳性控制时是否最终对蛋白鉴定有帮助仍然是一个未知数。作者在蛋白质组的水平上，用大肠杆菌液相色谱-HCD串级质谱数据组对中性丢失及内部离子在蛋白鉴定中的作用进行了系统评价。结果 发现的，当中性丢失及内部离子跟b/y离子一样同时用于数据库搜索和P Score打分时，蛋白鉴定数量跟只用b/y离子相比没有显著变化；也就是说中性丢失及内部离子对蛋白鉴定没有直接贡献。但是，中性丢失及内部离子的引入可以让搜索引擎找到更多的匹配b/y离子，因为有相当一部分b/y离子可以从他们与中性丢失及内部离子的重叠数据中解析出来。对每一个蛋白ID而言，更多的匹配b/y离子意味着更可信的蛋白鉴定和翻译后修饰(如果有的话)定位。从这个意义上来讲，中性丢失及内部离子对蛋白鉴定(和翻译后修饰定位)有一定的间接贡献。当然，中性丢失及内部离子的引入也会大大延长数据库搜索的时间；因为中性丢失离子和内部离子的数量往往是b/y离子的几倍到几十倍，搜索引擎需要花费更多的处理时间。