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高等教育现代治理体系的构建是一个系统工程，必须从高校外部和内部两个方面同步推进。依据治理理论，我国高等教育治理体系构建必须实现三个转变：从主体上看必须实现从"一元管理"向"多元治理"的转变；从对象上看必须实现从"封闭系统"向"开放系统"的转变；从机制上看必须实现从"上令下行"向"多元制衡"的转变。重塑政府与高等学校的关系，突破高等教育的封闭状态，建立高等学校的现代制度，是构建我国现代高等教育治理体系的客观要求。转变政府职能，加强社会中介组织建设，打破高校内部的官僚制组织结构，是实现我国高等教育治理体系现代化的突破口。