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研究了两个接收站输出信号的频率和相位均有差异时的时延估计问题，并针对时延估计的广义互相关法提出了改进方法。首先理论推导了两路信号问的相位差异不影响广义互相关法时延估计性能，而频率差异有影响。接着应用频域互相关函数对频率差做准确估计并补偿，最后给出了频差补偿后的广义互相关时延估计公式。以四种常用通信信号为例，仿真验证了不同信噪比下提出方法的正确性和有效性。