简化RACE方法测定基因III、VIb和VIId型新城疫病毒leader和trailer序列及分析

来源 :中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第二次学术研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:potato_212
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目的:利用cDNA末端快速扩增技术(Rapid amplificalion of cDNA ends,RACE)测定基因Ⅲ、VIb和VIId型新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)基因组两侧末端序列,并对NDV的leader和trailer进行分析。 方法:利用T4 RNA连接酶将特定寡聚核苷酸片段的连接于病毒基因组RNA和cDNA,再利用RT-PCR或PCR方法对病毒基因组的末端进行快速的扩增。 结果:建立一套操作简单、低成本、可重复性高的RACE方法,测定了三种基因型5株NDV 3’末端leader和5’末端trailer序列比对分析 结论:本实验测定的鹅源Ⅶ型毒株JS/7/05/Ch基因组的15,184nt由一个T变为了C,5’端trailer与3’端leader的连续互补序列由8 nt变为12 nt,而其它4株基因Ⅲ型和Ⅵ型NDV均未发现该突变。通过RNA的二级结构分析,NDV基因组和反向基因组RNA的3’末端形成-个发卡结构。JS/7/05/Ch等3株NDV U→C(T→C)的突变位于发卡环上,不影响二级结构的形成,发卡环的RNA序列突变为3’-UCUC-5’,与基因组3’端发卡环的3’-UCUUA-5’相似,推测可能影响了基因组RNA的复制速度。
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