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一直以来，红层的孢粉分析一直是孢粉学家们面临的最为困难的挑战，其沉积时的原始植被、搬运埋藏和水介质条件等常常不利于孢粉的保存。青藏高原地区发育、出露有各种地质时期的红色碎屑沉积，其中尤以晚中生代和新生代地层普遍。这些红层通常也不利于其他门类化石的保存，化石发现稀少，其地质时代和地层对比往往存在各种争论或疑问。由于岩性、外观等方面的相似性，这些地层在野外极易被混淆，从而导致相关研究的错乱和偏差。本文简要介绍本人多年来在青藏高原晚中生代至新生代(白垩纪—新近纪)相关红层开展的孢粉学研究进展，并以这些疑难地层的孢粉地层学工作实践，总结概括了对红层孢粉分析的一些认识。我们认为，仔细详实的野外观察、严格细致的采样和化学分析、认真谨慎的化石观察与污染标本的识别以及扎实可靠的孢粉地层学基础是取得成功的红层孢粉地层学研究结果的关键。