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核质互作对异源多倍体化早期阶段遗传变化的形成起着重要的作用,我们之前的研究表明芸薹属杂种和异源四倍体中细胞质及基因组对染色体配对的特殊作用.为了证实在这些杂种和异源多倍体中亲本基因组及细胞质来源对遗传、表观遗传及基因表达的影响,将它们AFLP,mAFLP和cDNA-AFLP的式样与亲本的做比较,主要表现为每个基因组的缺失带.在不同基因组组成和细胞质来源背景下变化很大,依次为AFLP＞mAFLP＞cDNA-AFLP.AFLP带缺失的频率与亲本基因组的亲疏关系正相关,但mAFLP和cDNA-AFLP的不明显,且甲基化变化的幅度较小.在每个基因组中这些变化遵循A＞B＞C的规律.这三种变化,只有AFLP总缺失带与cDNA-AFLP总缺失带相关,而他们的相关性在A、B、C每个基因组又变化很大.异源四倍体中这些变化主要是基因组融合造成的而非基因组加倍.在三个不同的水平亲本基因组的变化归咎于细胞质和基因组类型以及他们的互作或趋异程度.